在一個發展緩慢陷入衰退的近未來時代中，一種可以引導特殊天賦人羣進入他人夢境的機器潛夢機被髮明出來，和《盜夢空間》中只能潛移默化影響目標的機器不同，潛夢機在干涉夢境的同時可以根據干涉者採取的行動導致現實性的變化甚至將被幹涉者置於死地。這項奇特而危險的發明在發明之初就充滿了不幸和爭奪，技術小範圍擴散後更是讓各方勢力都盯上了它的潛在用途，為了維持自身的利益各個大國在聯合國框架下成了夢境犯罪的應對組織——DDD（夢境防衞部）與夢境犯罪者和恐怖組織進行着慘烈而無休止的地下鬥爭。
主角的父輩作為這種機器的發明者之一兼爭奪中的受害者，讓主角在從降生開始就遭遇了諸多不幸，儘管主角努力地去反抗命運最後還是在一場防衞過當中鋃鐺入獄，直到某個巧合的機會中主角被一直暗中關注他的夢境防衞部所發掘，他的冒險生活也就由此展開。隨着參與組織的活動和對夢境干涉的一步步瞭解，主角將揭開自身家庭過去的秘密，並在和叛逃出夢境防衞部的潛夢機開發者對決中瞭解這個世界的真相。